В моей любимой Linux Manjaro (Arch) по умолчанию включён режим экономии энергии для аудиокарты. Скорее всего, даже не имеет значение какая именно аудио карта у Вас установлена...
Щелчки при воспроизведении любого аудио (даже системных звуков) появляются за доли секунды до воспроизведения самого аудио (к примеру, системного уведомления).
Выключить режим экономии энергии для аудиокарты, тем самым убрав эти щелчки можно такой командой:
echo 0 > /sys/module/shd_hda_intel/parameters/power_save
также можно создать файл в alsabase.conf папке /etc/modprobe.d
и прописать в нём код:
options snd_hda_intel poswer_save_controller=M power_save=0